由 A 族克沙奇病毒引起。特徵為突發性發燒、嘔吐及咽峽部出現小水泡或潰瘍，病程為 4 至 6 天。病例多數輕微無併發症，少數併發無菌性腦膜炎。
有的專家建議直接叫咽峽炎而不要加上疱疹性，因為當年翻譯時不知是腸病毒引起，一般人又容易與疱疹混淆，尤其兩者在初期症狀都很類似。
一般咽峽炎的病程大約在四到六天，通常，腸病毒都可藉由小朋友自身的免疫力，來將病毒消除。
只不過，從腸病毒感染出現症狀開始七天內需注意觀察（以咽峽炎來說，發病第三至五天尤其關鍵），是否出現腸病毒感染併發重症的前兆：
1. 嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力：除了持續想睡之外，病童顯得意識模糊、眼神呆滯或疲倦無力，在正常體溫未發燒的情況下，平時活潑的小朋友忽然變安靜不想動。
2. 肌抽躍：即無故出現受驚嚇或突然全身肌肉收縮，通常出現在睡眠時，但隨著病情變化，嚴重時也有可能在清醒時發生。另外，病童也有可能因為肌抽躍而有難以入眠的症狀出現。
3. 持續嘔吐：嘔吐是腦壓上升的症狀之一，嘔吐的次數愈多，愈要注意，尤其是伴隨啫睡、活力不佳，或只出現嘔吐而無腹痛、腹瀉等腸胃炎症狀時，更需要特別注意。
4. 呼吸急促或心跳加快：在安靜且體正常的情況，病童出現每分鐘心跳120次以上，需給予特別注意。
對付腸病毒，除了勤洗手避免直接傳染口鼻之外，也可以利用居家消毒降低病毒的活性：
腸病毒消毒方法：
1.消毒方法的選用：
（1）腸病毒對酸及許多化學藥物具抵抗性，如抗微生物製劑、清潔消毒劑及酒精，均無法殺死腸病毒。
（2）醛類、鹵素類消毒劑（如市售含氯漂白水）可使腸病毒失去活性，水中0.3到0.5ppm的餘氯即可使其不活化，而衣物漂白水（含氯）亦可殺死腸病毒。
（3）腸病毒於室溫可存活數天，4℃可存活數週，冷凍下可存活數月以上，但在50℃以上的環境，很快就會失去活性，所以食物經過加熱處理，或將內衣褲浸泡熱水，都可減少腸病毒傳播。
（4）乾燥可降低腸病毒在室溫下存活的時間。
（5）紫外線可降低病毒活性。
2.如何泡製消毒水：以泡製200ppm含氯漂白水為例
（1）取巿售家庭用漂白水（濃度一般在6到7%）1湯匙（一般喝湯用的湯匙，約15至20cc）。
（2）加入5公升的自來水中（大寶特瓶每瓶容量1,250cc，4瓶即等於5公升），攪拌均勻即可。
3.環境消毒重點：
（1）不需要大規模噴藥消毒。
（2）只需對於常接觸物體表面（門把、課桌椅、餐桌、樓梯扶把）、玩具、遊樂設施、寢具及書本做重點性消毒。
（3）清洗完畢的物體可移至戶外，接受陽光照射。
由於治療咽峽炎並無特效藥，醫生也只能針對症狀開緩和症狀的藥，因此，除了避免感染，提昇免疫力則是相對積極的作法。
如何提昇免疫力：
1. 良好的營養。
2. 充足的睡眠。
3. 提供一個沒有遭受壓抑的環境。